在书店里

Есть ли смысловая разница между следующими двумя предложениями, которые отличаются лишь наличием и отсутствием иероглифа 里 [lǐ]?

На самом деле разницы нет никакой, более того, в устной речи в таком случае чаще всего опускают и используют первый вариант. Дело в том, что 里 [lǐ] можно смело не использовать тогда, когда речь идет о каком-то учреждении или организации, например, это может быть 工厂 [gōngchǎng] “завод”, 书店 [shūdiàn] “магазин”, 学校 [xuéxiào] “школа”, 教室 [jiàoshì] “класс”, 银行 [yínháng] “банк”, 饭店 [fàndiàn] “ресторан” и т. п.

В том же случае, когда речь идет о какой то вещи, например, 房间 [fángjiān] “комната”, 桌子 [zhuōzi] “стол”, 衣柜 [yīɡuì] “шкаф”, 瓶子 [píngzi] “бутылка” и т. п., 里 [lǐ] опускать нельзя